Selon la légende à la fin Xème siècle, Grégoire de Nicopolis s’installe dans une grotte située au hameau de Baudrevilliers toujours connue sous le nom “Grotte de Saint Grégoire”. A cette époque Bondaroy affirme son existence comme en témoigne la richesse de son patrimoine architectural : l’ Eglise Saint Martin le Seul (XIème siècle), le Manoir, (XIIème et XIVème siècles) refuge de l’Homme de Lettres Jean de la Taille, l’ Eglise Saint Aignan (XVIème siècle) …

Entre les rives de l’Oeuf et la Route Nationale 152, Bondaroy est un village rural étroitement lié à Pithiviers, le chef lieu du canton.